COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 5.691421 8.252883 8.095217
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 8.268569
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 8.373045
2021-05-15 17:00:00 6.963514 6.963514 8.466124
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.595872
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 8.751870
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 8.869657

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.175989
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.454545 6.173064
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 6.398935
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 6.399411
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 6.710960
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.033843
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.330098

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 16.635206
2021-05-17 17:00:00 11.805556 15.689655 16.680890
2021-05-16 17:00:00 20.489978 15.726496 16.752396
2021-05-15 17:00:00 16.879433 20.169492 16.741141
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 16.858127
2021-05-13 17:00:00 16.485507 16.485507 17.112030
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 17.629722

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 4.011887 4.011887 6.993764
2021-05-17 17:00:00 5.981466 2.598829 7.093522
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 7.416689
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 7.782352
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 8.007142
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 8.283337
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 8.438508

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 6.250653 10.740044 8.759983
2021-05-17 17:00:00 13.310745 13.310745 8.515978
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 8.395614
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 8.254982
2021-05-14 17:00:00 8.909786 8.909786 8.219409
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 8.210006
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 8.180128

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 16.127789
2021-05-17 17:00:00 20.176991 12.694878 16.672118
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 17.259117
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 17.893720
2021-05-14 17:00:00 8.820234 18.931455 18.485926
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 18.711174
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 18.669096

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.602883
2021-05-17 17:00:00 3.149606 3.149606 3.726730
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.830525
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 3.937691
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 4.022716
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.138398
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 4.142234

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 2.560706 4.095630 4.100390
2021-05-17 17:00:00 6.158730 4.152726 4.120642
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.789695 4.183529
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.271681
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.395206
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.491297
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.542012

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.848151
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.574457 4.854661
2021-05-16 17:00:00 5.759539 4.032258 5.055573
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 5.363700
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 5.557317
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 5.821008
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 6.091952

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 7.035367
2021-05-17 17:00:00 7.513357 7.513357 6.878777
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 7.001075
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 7.131669
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 7.334485
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 7.632657
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 7.829635

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.602190
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.472015 7.844630
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 8.151377
2021-05-15 17:00:00 6.949627 6.949627 8.360044
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 8.697418
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 8.990544
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 9.261967

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 2.209900
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.574713 2.147899
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 2.224921
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.440624
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 2.638602
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 2.713455
2021-05-12 17:00:00 2.661208 5.093046 2.923362

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 9.615385 9.615385 9.162869
2021-05-17 17:00:00 1.276596 25.957447 9.416215
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 9.612560
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 9.427909
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 9.302879
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 9.217938
2021-05-12 17:00:00 38.297872 22.517730 9.224462

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 5.816016
2021-05-17 17:00:00 10.489510 5.812417 5.942635
2021-05-16 17:00:00 10.964333 6.274769 6.170743
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.326978
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 6.680869
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 6.847656
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 7.164072

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 8.459401
2021-05-17 17:00:00 8.459338 3.580076 8.433456
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 8.610296
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 8.790978
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 9.107761
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 9.416392
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 9.786664

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 23.534907
2021-05-17 17:00:00 9.951956 38.023336 23.575726
2021-05-16 17:00:00 34.382979 34.382979 24.281923
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 25.174601
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 25.303636
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 25.672290
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 26.531407

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.903311
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.079812 2.956566
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 3.001868
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.198460
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.418977
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 3.572181
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 3.789379

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 5.415020 5.415020 7.246642
2021-05-17 17:00:00 5.506446 7.554384 7.408170
2021-05-16 17:00:00 7.331644 5.435877 7.579362
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 7.825775
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 7.954600
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 8.381219
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 8.571029

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 6.050220
2021-05-17 17:00:00 9.997383 5.145474 6.097644
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.319501
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.446308
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 6.578814
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 6.794334
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 6.993154

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 10.717543
2021-05-17 17:00:00 8.196721 10.132159 10.960414
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 11.390728
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 11.601956
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 11.848879
2021-05-13 17:00:00 17.752235 17.752235 12.058892
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 12.304636

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.341246 12.004811
2021-05-17 17:00:00 11.688312 11.688312 12.744360
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 12.390848
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 12.821327
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 13.582997
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 14.255640
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 14.381802

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 11.644339
2021-05-17 17:00:00 10.176471 10.176471 11.671413
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 11.955164
2021-05-15 17:00:00 10.537634 10.537634 12.164581
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 12.269213
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 12.716940
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 13.148612

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.709360 2.709360 6.175989
Basilicata 14.482759 14.482759 16.635206
Calabria 4.011887 4.011887 6.993764
Campania 6.250653 10.740044 8.759983
Emilia-Romagna 11.293074 11.293074 16.127789
Friuli Venezia Giulia 3.120357 3.120357 3.602883
Lazio 2.560706 4.095630 4.100390
Liguria 4.145078 4.145078 4.848151
Lombardia 4.999582 4.999582 7.035367
Marche 6.233062 6.233062 7.602190
Molise 0.748130 0.748130 2.209900
P.A. Bolzano 9.615385 9.615385 9.162869
P.A. Trento 4.986150 4.986150 5.816016
Piemonte 7.557938 7.557938 8.459401
Puglia 13.218577 13.218577 23.534907
Sardegna 3.242956 3.242956 2.903311
Sicilia 5.415020 5.415020 7.246642
Toscana 4.663462 4.663462 6.050220
Umbria 8.984375 8.984375 10.717543
Valle d'Aosta 3.103448 5.341246 12.004811
Veneto 10.457963 10.457963 11.644339

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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